本藥庫的植物萃取物來源是由高雄醫學大學藥學系陳益昇教授(已退休，現為高醫大藥學系名譽教授)所提供，目前由張訓碩教授接續管理，並持續收集台灣本土植物，擴充植物樣本的多樣性。

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台灣的原生植物約有4,500種，方便取得，且植物族群數量足夠進行研究的約有3,000多種，陳益昇、張訓碩兩位教授已經採集了將近2,000種植物樣本，並將可取得的各個部位(根、莖、葉、花、果實、全株等)分開以甲醇進行萃取，共製備了將近4,000個粗萃取物，其中3,400的粗萃取物，目前已開放申請使用。

本藥庫的植物樣本由辜嚴倬雲植物保種中心（http://www.kbcc.org.tw/tw/）提供。辜嚴倬雲植物保種中心是在2007年由辜嚴倬雲女士提供「泰和農場」部分土地，由台泥企業團董事長辜成允先生許諾長期支持下成立，並由清華大學生命科學系教授李家維先生擔任保種中心執行長，目標是打造植物的諾亞方舟，落實國際熱帶植物保育。

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本團隊與辜嚴倬雲植物保種中心約在2014年開始合作，由保種中心提供植物樣本，高雄醫學大學天然藥物研究所進行萃取，再由本核心進行藥庫建置，目前本藥庫已經收納了超過81個科別，大於970種的植物 。由於大部分樣本為植物的莖(/枝)葉，我們利用2~4種不同極性的溶劑進行分層萃取，目前本藥庫內共有2,874個粗萃取物/分層萃取物開放申請使用。

本藥庫是針對食品藥物管理署核准之「可供食品使用原料」清單中的「草、木本植物類」植物，進行收集與萃取物製備，食藥署可供食品使用原料清單共1689項，其中植物類共計650項。本萃取物庫的材料來源主要為女巫藥草園(【女巫藥草園】 (the-witches-herb-garden.com.tw)、源山青草行、行政院農業委員會種苗改良繁殖場、辜嚴倬雲植物保種中心以及沿山番茄園。目前已收集292種植物共計344項材料，並且已完成萃取物製備，目前這344個萃取物已經開放申請使用(簡稱「可供食品使用植物萃取物藥庫」)。我們仍持續進行材料收集與萃取。本藥庫在產品開發應用上深具潛力。

中藥使用已有上千年的臨床經驗，亦可在許多中醫藥古籍中見其應用的範例，可提供現代新藥開發良好的來源。傳統上中藥多使用水煎劑，故本萃取庫遵循傳統，使用水與藥材(15 ml:1 g)的方式，迴流一小時萃取，之後過濾濃縮及凍乾，即得水萃取物。目前有66個水萃取物已經開放申請使用。此萃取物庫可協助中藥科學化亦可促進中藥新用途的發展。

同一個中藥處方，如果出處典籍不同，就可能在藥材的日服量及比例、效能上略有差異。之前由於各家藥廠所生產的同一產品，因為引用的典籍不同，處方可能都不一樣，行政院衛生署在1990年開始提出統一處方標準的構想，也就是「基準方」，至2000年公告了共計200項的基準方，並沿用至今。國內的GMP藥廠或傳統藥廠，都須依照這些配方製造基準方產品，同一基準方的每日藥材量、效能、適應症等均相同。

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如同西方醫藥開發「老藥新用」的思維，是否也能利用現代藥物開發平台，找出這些基準方的新適應症，或者衍生出新的方劑，甚至是植物新藥/中藥新藥的開發。

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目前本聯盟已完成168項基準方的萃取，並開放學界及業界使用，並預計在1-2年之內完成200項基準方藥庫的製備。

為了在化學多樣性、藥庫大小、藥庫製備的成本之間取得一個平衡點，研究者開始使用劃分層提取物(fractions)進行高通量篩選。將粗萃取物進一步分成數十個至上百個劃分層，由於小量製備便已足夠用於藥庫建置，因此藥庫製備速度得以提高，且藥庫內的樣品量也有一定的數量，也讓這種劃分層提取物藥庫相當適合使用高通量篩選進行生物活性測試。而這些劃分層提取物內所含的化合物種類相對於粗萃物要單純許多，若能配合上靈敏的核磁共振技術，就能直接鑑定該劃分層提取物內可能的活性成分結構，解決化合物分離和結構解析的瓶頸問題。

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本團隊藉由生物資源整合與建置計畫的補助，開始建立劃分層提取物藥庫，我們將一個植物的粗萃取物，利用水以及正己烷分別去除高與低極性的成分，剩餘的萃取物在進一步細分成96個劃分層，最後將這些劃分層提取物製備成為藥庫。

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本藥庫的植物來源包含辜嚴倬雲植物保種中心、印尼、越南當地藥草、台灣民間用藥植物以及中藥藥用植物，共57個不同的植物材料，共有5,472個劃分層提取物。